Tuy nhiên theo quan điểm của Microsoft , CCleaner không  phải là ứng dụng ấn tượng và tốt hơn hết người dùng  không nên sử dụng nó . Tại sao vậy ? Rất khó để nói nhưng rõ ràng Microsoft không ưa gì với CCleaner .

Theo TheWindowsClub , Gov Maharaj , là Kỹ sư phát triển phần mềm của Microsoft , thực hiện giải đáp thắc mắc trong video trực tiếp trên kênh Channel9 và thấy CCleaner được cài đặt trên máy tính của một người dùng  . Phản ứng của Maharaj là khuyên nên gỡ bỏ nó đi .

Những tuyên bố như vậy thường gây ngạc nhiên bởi vì CCleaner thường được đánh giá là một trong những phần mềm tốt nhất để dọn dẹp những dữ liệu nháp còn lại trên ổ đĩa .

Nhưng Microsoft thường đưa ra khuyến cáo không  nên thường xuyên dùng công cụ dọn dẹp Registry hoặc những ứng dụng tương tự để làm sạch Windows 10 bởi vì điều đó có thể làm ảnh hưởng tới hiệu suất làm việc của hệ thống .

Trong FAQ , Microsoft nói rằng “ Một số sản phẩm như những tiện ích dọn dẹp Registry được cho là cần để thường xuyên bảo dưỡng và dọn dẹp . Tuy nhiên những vấn đề nghiêm trọng có thể xảy ra khi bạn thay đổi Registry bị sai khi dùng những kiểu ứng dụng như vậy . Những vấn đề này có thể bạn phải cài mới lại hệ điều hành do chạy không ổn định “.

Và tất nhiên trước khuyến cáo của Microsoft cũng không ngăn cản người dùng chạy CCleaner để dọn dẹp một số phần của hệ thống  .