Bây giờ đã có bản cập nhật đầu tiên cho hệ thống này , Nintendo thông báo sẽ tới từ 6/6 tại Bắc Mỹ .

Bản cập nhật này sẽ thêm trình duyệt và Nintendo eShop, có chứa những nội dung mới khác nhau như Pokédex 3D cho phép những người hâm mộ xem những nhân vật Pokédex  trong 3D . Để kỷ niệm ngày mở cửa Nintendo eShop , Nintendo cho phép tải trò chơi Excitebike 3D trong vòng 24 giờ cho những ai cài đặt phần nâng cấp .

Nintendo eShop cung cấp những nội dung khác nhau có thể được tải về như những phần mềm 3D , những game cũ mà có thể được chuyển sang 3D gọi là 3D Classics , những trò chơi Game Boy và Game Boy Color … Người xem cũng có thể xem những đoạn giới thiệu game , những thong tin sản phẩm …

Để cài đặt bản nâng cấp , người dùng sẽ cần kết nối Internet không dây . Ngay khi kết nối hoàn thành , mở System Settings từ Home Menu , chọn Other Settings và kéo trang bên phải và chọn System Update .

Nintendo 3DS cung cấp những trò chơi 3D mà không cần phải dùng kính 3D và có khả năng chụp ảnh 3D nhờ 2 Camera phía sau . Nintendo cảnh báo 3DS không nên cho trẻ em dưới 6 tuổi xem những hình ảnh 3D .